Présentation du MeSH bilingue 2016

1. Historique

Le MeSH (Medical Subject Headings) est le thésaurus de référence dans le domaine biomédical (1). La NLM (U.S. National Library of Medicine), qui le construit en 1954 et le met à jour chaque année depuis lors, l'utilise pour indexer et permettre d'interroger ses bases de données, notamment MEDLINE/PubMed, ainsi que pour cataloguer ses ouvrages et autres documents (2). En 1960, la NLM met en place l'informatisation des données avec le système MEDLARS (MEDical Literature Analysis and Retrieval System). En 1969, afin de faciliter l'accès en français à ses bases de données, la NLM signe une convention de partenariat avec l'Inserm, qui devient le Centre MEDLARS pour la France (3). L'Inserm traduit le MeSH en 1986, et met à jour la version française chaque année depuis lors. Dans le cadre d'un accord de coopération avec l'Inserm, l'Inist-CNRS (Institut de l'information scientifique et technique du CNRS) contribue à la mise à jour de la version française depuis 2004 (4). L'Inserm met la version bilingue à la disposition de la communauté francophone, qui peut la consulter en ligne ou l'obtenir sous la forme d'un fichier sous format XML (5). La version bilingue est souvent utilisée comme outil de traduction, ainsi que pour l'indexation et l'interrogation de bases de données en français.

2. Organisation des catégories thématiques

Le MeSH comprend les 16 catégories thématiques suivantes.

  • Anatomie [A]
  • Organismes [B]
  • Maladies [C]
  • Produits chimiques et pharmaceutiques [D]
  • Techniques et équipements analytiques, diagnostiques et thérapeutiques [E]
  • Psychiatrie et psychologie [F]
  • Phénomènes et processus [G]
  • Disciplines et professions [H]
  • Anthropologie, enseignement, sociologie et phénomènes sociaux [I]
  • Technologie, industrie et agriculture [J]
  • Sciences humaines [K]
  • Sciences de l'information [L]
  • Groupes individualisés [M]
  • Soins de santé [N]
  • Caractéristiques d'une publication [V]
  • Lieux géographiques [Z]

Chacune de ces catégories est organisée en arborescence de descripteurs [MeSH Headings], qui peut comprendre jusqu'à onze niveaux de hiérarchie. La plupart des descripteurs ont une seule localisation, alors que les autres en ont plusieurs, dans la même catégorie ou dans des catégories différentes. Chaque localisation est représentée par un code d'arborescence [Tree Number], qui comprend une lettre indiquant la catégorie et une séquence numérique précisant le niveau dans la hiérarchie.


Par exemple, dans la catégorie A figurent successivement les descripteurs "Régions du corps" [A01], Membres [A01.378], "Membre supérieur" [A01.378.800], Main [A01.378.800.667], Doigts [A01.378.800.667.430] et Pouce [A01.378.800.667.430.705], qui apparaissent chacun une seule fois. Le descripteur Œil apparait au contraire deux fois dans la catégorie A, d'une part sous les descripteurs "Régions du corps" [A01], Tête [A01.456] et Face [A01.456.505] sous la forme Œil [A01.456.505.420], et d'autre part sous le descripteur "Organes des sens" [A09] sous la forme Œil [A09.371]. Enfin, le descripteur Télémédecine apparait une fois dans chacune des catégories H, L et N, respectivement sous le descripteur Médecine [H02.403] sous la forme Télémédecine [H02.403.840], sous le descripteur Télécommunications [L01.178.847] sous la forme Télémédecine [L01.178.847.652] et sous le descripteur "Prestations des soins de santé" [N04.590.374] sous la forme Télémédecine [N04.590.374.800].

3. Structure des descripteurs

Les descripteurs sont constitués de concepts, les concepts sont eux-mêmes constitués de termes, et un terme est un mot ou un ensemble de mots exprimant une notion (6). Chaque concept porte le nom d'un de ses termes, appelé terme préféré. Chaque descripteur porte le nom d'un de ses concepts, appelé concept préféré, les autres étant appelés concepts subordonnés. Chaque concept subordonné présente une relation sémantique avec le concept préféré, soit une relation hiérarchique (concept plus large ou plus étroit), soit une relation associative (concept associé). Chaque descripteur comprend un ou plusieurs concepts, et chaque concept comprend un ou plusieurs termes. Dans le cadre de l'indexation, du catalogage et de la recherche documentaires, les termes d'un descripteur donné sont équivalents entre eux.


Par exemple, le descripteur [Drug-Induced Liver Injury] est constitué de neuf termes répartis sur quatre concepts : le concept préféré [Drug-Induced Liver Injury], le concept plus étroit [Drug-Induced Acute Liver Injury] et les concepts associés [Hepatitis, Drug-Induced] et [Hepatitis, Toxic].

4. Le MeSH 2016

Chaque année, afin d'enrichir le MeSH et de tenir compte de l'évolution du domaine biomédical, de nouveaux descripteurs sont ajoutés, et d'anciens descripteurs sont modifiés, remplacés, supprimés ou déplacés. Des concepts et des termes sont ainsi ajoutés, modifiés, supprimés ou déplacés. Le MeSH 2016 comprend 27 883 descripteurs et 87 028 termes. Lors de la mise à jour, 438 descripteurs ont été ajoutés, 5521 ont été modifiés, 17 ont été remplacés, et 9 ont été supprimés (7-9).


La liste des descripteurs est définitive en novembre de chaque année pour la version du MeSH de l'année suivante. Il est toutefois à noter qu'en janvier 2016, deux descripteurs ont été ajoutés rétroactivement au MeSH 2016, de façon à pouvoir être utilisés sans délai (1). Il s'agit des descripteurs [Zika Virus] et [Zika Virus Infection].


Le MeSH 2016 comprend les descripteurs et termes suivants (7-9).

  • 158 types de publications [Publication Types]
    Contrairement aux autres descripteurs, les types de publications sont utilisés lors de l'indexation ou du catalogage des documents pour faire référence à leurs caractéristiques et non à leur contenu, comme par exemple [Biography] ou [Clinical Trial, Phase II]. Les types de publications [Blogs], [Clinical Study], [Graphic Novels] et [Public Service Announcements] ont été ajoutés pour le MeSH 2016.
  • 33 descripteurs obligatoires [Check Tags]
    Les descripteurs obligatoires représentent des notions à prendre systématiquement en compte lors de l'indexation des documents pour la base MEDLINE/PubMed, comme par exemple [Cats] ou [History, Medieval].
  • 82 qualificatifs [Subheadings/Qualifiers]
    Les qualificatifs sont utilisés avec les descripteurs pour l'indexation, le catalogage et la recherche documentaires. Chaque qualificatif peut être associé aux descripteurs de certaines sous-catégories, de façon à en décrire un aspect particulier. Par exemple, l'association du descripteur [Liver] et du qualificatif "/drug effects" indique que le document ne concerne pas le foie de manière générale, mais les effets des médicaments et des substances chimiques sur le foie. Le qualificatif "/diagnostic use" a été supprimé pour le MeSH 2016.
  • Les descripteurs précoordonnés
    Il s'agit de descripteurs à utiliser à la place de certaines combinaisons descripteur/qualificatif pour interroger la base MEDLINE/PubMed. Par exemple, le descripteur précoordonné [Hand Transplantation] est à utiliser à la place du descripteur [Hand] et du qualificatif "/transplantation". Les nouveaux descripteurs précoordonnés pour 2016 sont au nombre de huit.
  • 230 872 concepts supplémentaires [Supplementary Concept Records]
    Il s'agit d'un vocabulaire relié au MeSH, et qui concerne les substances chimiques et les maladies.

5. Mise à jour de la version française

Une nouvelle version française du MeSH est présentée chaque année. Il s'agit de tenir compte de la mise à jour du MeSH et de réviser la version française précédente, en ajoutant, modifiant, supprimant ou déplaçant des termes. Depuis 1986, l'Inserm assure la traduction des nouveaux descripteurs, la majeure partie de la révision de la version française, ainsi que le contrôle et la validation des travaux. Depuis 2004, l'Inist-CNRS contribue à la révision. Les travaux sont réalisés en ligne avec le MTMS (MeSH Translation Maintenance System), système de gestion de la traduction multilingue mis en place par la NLM (10-11).


Des règles de traduction sont appliquées. Les rectifications de l'orthographe parues au Journal Officiel du 6 décembre 1990 sont prises en compte, ainsi que les recommandations des Commissions de terminologie et de néologie concernées. Différents registres de langue sont utilisés, un nom scientifique ou médical pouvant côtoyer un nom commun, comme pour Asthénopie et "Fatigue oculaire". En cas de singulier ou de pluriel irrégulier, le terme est mentionné au singulier et au pluriel, comme pour "Anticorps monoclonal" et "Anticorps monoclonaux". En cas d'homographie, le domaine d’application est précisé, comme pour "Kiwi (oiseau)" et "Kiwi (plante)". Les acronymes sont présentés selon un format standardisé, comme pour "AVC (Accident Vasculaire Cérébral)" ou SIDA. La version française reprend de plus des termes anglais volontiers utilisés par les francophones, comme GABA ou Marketing, ainsi que des termes spécifiques de la civilisation américaine, comme "NIH Office of Scientific Integrity". La version française reprend enfin des termes d'autres langues, par exemple le latin, comme pour "Staphylococcus aureus" ou "Coxa valga".


Les travaux réalisés en 2015 pour la version française du MeSH 2016 sont énumérés ci dessous. Cette version contient 87 502 termes, soit 2386 termes de plus que la version précédente.

  • Traduction des 438 nouveaux descripteurs ;
  • Révision d'une partie des descripteurs concernant les antigènes ou les récepteurs ;
  • Révision des sous-catégories "Acides nucléiques" [D13.444], "Troubles mentaux diagnostiqués dans l'enfance" [F03.550], "Phénomènes microbiologiques" [G06], "Phénomènes physiologiques oculaires" [G14] et "Phénomènes biologiques" [G16] ;
  • Révision d'une partie des sous-catégories "Composés hétérocycliques" [D03], "Acides aminés, peptides et protéines" [D12] et "Qualité, accès, évaluation des soins de santé" [N05].

6. Outils d'exploration du MeSH et de la version bilingue

Le MeSH Browser permet de parcourir les arborescences et de consulter des informations concernant les descripteurs, les qualificatifs ou les concepts supplémentaires (12-13). Pour un descripteur d'intérêt, il est par exemple possible d'obtenir ses concepts et termes, les qualificatifs pouvant lui être associés, ses descripteurs précoordonnés, ainsi qu'une note explicative [Scope Note] concernant sa signification ou son usage. Ses codes d'arborescences sont indiqués et ses localisations dans les arborescences sont visualisées. Des liens vers des descripteurs connexes sont également proposés. Pour le descripteur Eye, il est suggéré de consulter par exemple les descripteurs [Eye Manifestations] et [Intraocular Pressure], ainsi que les descripteurs dont les termes comprennent les préfixes ocul-, ophthalm-, opt- ou vis-.


Inversement, le MeSH Browser permet de formuler des requêtes pour sélectionner des descripteurs, des qualificatifs ou des concepts supplémentaires. Il est possible de sélectionner les descripteurs dont les termes ou les notes explicatives contiennent des chaines de caractères données. Par exemple, [Eye Pain] est le seul descripteur dont un terme contient les mots Eye et Pain, mais neuf autres descripteurs contiennent ces deux mots dans leurs notes explicatives, dont Asthenopia, [Optic Neuritis] et Panophthalmitis. De façon similaire, aucun terme ne contient les mots Eye et Kidney, mais sept descripteurs contiennent ces deux mots dans leurs notes explicatives, dont [Diabetes Complications] et [Oculocerebrorenal Syndrome].


Par ailleurs, un outil d'exploration de la version bilingue est proposé (5). Il permet de parcourir les arborescences françaises ou de consulter des informations bilingues concernant les descripteurs ou les qualificatifs. Inversement, cet outil permet de formuler des requêtes en français ou en anglais pour sélectionner des descripteurs, des termes ou des qualificatifs. Un champ permet également de sélectionner les descripteurs correspondant à une action pharmacologique donnée, comme par exemple Antidiarrheals ou Hemostatics. Un champ permet enfin de sélectionner les descripteurs situés sous un descripteur donné, en utilisant son code d'arborescence et la troncature à droite. La requête A01.378.800* permet par exemple de sélectionner les descripteurs situés sous le descripteur "Membre supérieur" [A01.378.800].

Références

1. Medical Subject Headings

2. U.S. National Library of Medicine

3. NLM International Programs

4. Inist-CNRS

5. Le MeSH bilingue anglais - français

6. Concept Structure in MeSH

7. Introduction to MeSH - 2016

8. What's New for 2016 MeSH

9. MEDLINE Data Changes - 2016

10. MeSH Translation Maintenance System

11. The MeSH translation maintenance system : structure, interface design, and implementation

12. MeSH Browser - 2016

13. MeSH Browser


Copyright © MeSH bilingue - NLM - Inserm